El Consejo Latinoamericano es el máximo órgano de decisión del SELA. Está integrado por un representante de cada Estado Miembro, se reúne anualmente, y se encarga de establecer las políticas generales del organismo y de pronunciamientos específicos a través de decisiones que se aprueban por consenso.

La Secretaría Permanente es el órgano técnico administrativo del SELA. Está dirigida por un Secretario Permanente, elegido por el Consejo Latinoamericano por un lapso de cuatro años. Entre sus atribuciones se destacan: propiciar y realizar los estudios preliminares y tomar las providencias necesarias para la identificación y promoción de proyectos de interés para dos o más Estados Miembros; ejercer las funciones que le encomiende el Consejo Latinoamericano y, cuando corresponda, poner en ejecución sus decisiones; y proponer al Consejo programas y proyectos de interés común, sugiriendo las formas de llevarlos a la práctica y otras medidas, incluso reuniones de expertos, que puedan contribuir al mejor logro de los objetivos del SELA.